はい、停止中のライセンスにも料金が発生します。
料金を止めるには、そのライセンスの自動更新を無効にしてから削除してください。
手順はOne VPNの自動更新設定をご覧ください。

なお、停止したライセンスを再開すると接続ファイルが新しくなります。
再開する場合は、端末に新しい接続ファイルを取り込み直してください。